按"横七竖八"排列。每个大斗分成3格（对用量大的饮片也有分为2格的），每格放一种饮片。为存放质地轻泡的饮片，可在整架药斗下层专设3个特大斗。
　　
　　中药的摆放需按照中医处方用药的配伍规律和中药的性能来设置，尽量将处方中经常配伍应用的饮片放在一起，便于调剂时查找。
　　
　　常规是先将常用饮片放在斗架的中上层，便于调剂时称取。如当归、白芍与川芎；黄芪、党参与甘草；麦冬、天冬与北沙参；金银花、连翘与板蓝根；防风、荆芥与白芷；柴胡、葛根与升麻；黄芩、黄柏与黄连；沙参、豆蔻与木香；香附、厚朴与延胡索；焦神曲、焦麦芽与焦山楂；远志、柏子仁与酸枣仁；桔梗、苦杏仁与桑白皮；天麻、钩藤与白蒺藜；陈皮、枳壳与枳实；附子、干姜与肉桂；泽泻、山药与丹皮等。其次把质地较轻且用量较少的饮片放在斗架的高层。如月季花、白梅花与佛手花；玫瑰花、玳玳花与厚朴花；络石藤、海风藤与青风藤；密蒙花、谷精草与木贼草等。再把质重饮片（矿石类、化石类、贝壳类）和容易造成污染的饮片（炭药类）放在斗架的底层。如磁石、赭石与紫英石；龙骨、龙齿与牡蛎；珍珠母、瓦楞子与石决明；寒水石、石膏与海蛤壳等；炭类药如藕节炭、茅根炭与地榆炭；黄芩炭、黄柏炭与大黄炭；蒲黄炭；艾炭与棕榈炭等。最后把质地松泡且用量较大的饮片放在最下层的大药斗内。如灯心草与通草；芦根与茅根；茵陈与金钱草；白花蛇舌草与半枝连；竹茹与丝瓜络；薄荷与桑叶等